2001年(第二十四屆)—新興中華隊與第一次冠軍
(1)中華 (2)韓國 (3)俄羅斯 (4)菲律賓 (5)宏都拉斯 (6)加拿大 (7)蒙古 (8)南非
2000年時，籃協忽然宣布中華隊大換血。而這個時期的瓊斯盃便成為年輕的中華隊最好的練兵場所。而此時的瓊斯盃也再度開始邀請一些歐美國家，包括俄羅斯、加拿大以及中美洲的宏都拉斯等國。讓瓊斯盃又恢復了從前各洲並起的情況。此外，這一年的瓊斯盃首次拉到高雄鳳山舉行，是第一次前往南部舉行這項盛事。
二十四屆的瓊斯盃開打前，國內對於中華隊的評價是好壞各半。原因是因為中華隊稍早前在東亞運拿下了銀牌，又緊接著在亞洲盃拿到了第七名。這讓球迷始終無法確認這支換血過後的中華隊實力。而這一屆參加的球隊實力並沒有特別直得一提的球隊，南韓所派遣的是尚武隊(類似飛駝隊)，玄周燁及黃聖仁算是大家比較熟悉的。俄羅斯第二度參加，全隊的平均身高高達198.5公分，高度十分的嚇人，但是參加的球隊是屬於俱樂部球隊，所以實力有限。其他如蒙古、南非、宏都拉斯等國都算是籃球待開發的球隊，因此這次的瓊斯盃整體實力並不算太強。
但是中華隊因為處於換血陣痛期，隊中的球員大多是22歲左右的球員。因此開打之初球迷並沒有特別抱太多期望，但是中華隊一方面靠著賽程設計由弱打到強，一方面地主優勢幫了很多忙，中華隊先是對抗高度高中華隊一截的俄羅斯隊中打出流暢的傳切戰術。又在最後一場比賽中，靠著較佳的外線及團隊默契打敗了南韓，得到了中華隊有史以來的第一個瓊斯盃冠軍，MVP則由表現出色的控衛陳志忠獲得。
整體而言，中華隊打出了符合年輕球員該有的球風，楊玉明的急停跳投、陳信安的切入、周泓諭籃下的攪和、林佳皇的三分外線、陳志忠的控球都有傑出的表現，如果是以該屆瓊斯盃的參加隊伍來看，中華隊得到冠軍絕對是實至名歸。但是由於這次參賽球隊素質普遍不佳，沒有像二十一屆的菲律賓或二十二屆南韓那樣讓人心服的球隊，又加上那屆比賽之中發生了楊玉明比中指以及周泓諭對韓國球員咆哮的事件，使得瓊斯盃奪冠之後，網路上依然出現許多對於中華隊的實力及風度批評的事件。算是該屆得到冠軍之後的遺憾。
2002年(第二十五屆)—飽受噓聲的中華隊與好久不見的新浪隊
(1)澳洲 (2)加拿大(3)新浪 (4)日本 (5)菲律賓 (6)俄羅斯 (7)中華 (8)韓國
第二十五屆瓊斯盃對於國內的部分球迷別具意義，因為出走大陸快兩年的新浪隊重新回到國內參加比賽，新浪隊的前身是宏國隊，陣中的周俊三、羅興樑、黃春雄、劉義祥等人都是當初大換血遭到替換的老將。這也是繼第十九屆宏國裕隆參賽後，瓊斯盃第一次以單一球隊出賽。而除了新浪及中華隊之外。澳洲算是這次瓊斯盃較受人注目的球隊，另外加拿大也再次派出了大學冠軍隊。相較於歐美國家的來勢洶洶，亞洲的球隊則是遜色不少，除了菲律賓派出業餘的MBA明星隊外，日本跟韓國都是派出陣容不全的大學明星隊。這樣的陣容使得此次的瓊斯盃焦點幾乎都集中在新浪的身上。
中華隊這一屆的表現和上一屆勢如破竹的表現相差頗多，自從第一場被日本的節政貴弘在最後一秒投進三分球，以兩分逆轉之後，表現就一落千丈，接連輸給澳洲、俄羅斯、加拿大等國。反觀新浪並非以中華隊之名出賽，戰績反而比中華隊好。也因此在該屆中華V.S.新浪的比賽之中，甚至有人發起中華隊”正名”的活動，希望籃協停止大換血的政策，重新吸收老將回鍋。算是該屆比賽之中最大的話題。
而新浪在該屆比賽雖然表現不錯，但是並竟多是老將出賽，而且陣容不夠完整，最後還是不敵澳洲及加拿大，得到了第三名。而中華隊則是在最後跟韓國的比賽之中勝出，避免了墊底的位置，但是也打出了近五年以來的最差戰績。而後中華隊的表現每況愈下，先是亞運取得第七的成績，又在2003年亞洲盃得到第十一名的成績………。
2004年(第二十五屆)—重新出發的中華藍白兩隊
(1)中華白 (2)加拿大 (3)澳洲 (4)韓國 (5)中華藍 (6)卡 達 (7)日本 (8)菲律賓 (9)德國
2003年由於SARS入侵，瓊斯盃因此停辦一次。而睽違一年後，瓊斯盃重新舉辦，這個時候的臺灣籃球，已經有了不一樣的面貌。在五年的空窗期後，SBL超級籃球聯賽的產生，讓國內籃球又開始活起來。因此2004年瓊斯盃也趁勢一口氣派出藍白兩支中華隊，讓國內球迷可以一舉欣賞到SBL全部名星的風采。
其中中華藍隊的陣容特別受人注目，因為自從2000年就不曾代表中華隊參加瓊斯盃的老將周俊三、羅興梁、黃春雄、劉義祥等人都入選了中華藍隊(2002年新浪算單一球隊的性質，不算中華隊)。另外加上九太(現在的金酒)、中廣(現在的台哥大)、台啤的球員，因此包括中生代的李啟憶、楊哲宜、陳暉，新生代的林志傑、吳岱豪都在陣中，賽前一致看好中華藍隊的表現，但是可能是默契整合不足(我個人認為是教練問題)，中華藍隊並沒有打出令人激賞的氣勢，最後僅以第五名收場。
反觀另外一支中華白隊，收納了裕隆、達欣、台銀的球員，清一色以新生代球員為主，包括陳信安、田壘、王志群、張智峰、曾文鼎等人，再加上劉嘉發的韓式快打旋風的打法，中華白隊反而打出一波又一波的高潮，以8勝0敗的佳績拿下冠軍，特別是狂電韓國大學隊(陣中有金泰術等人)及日本大學隊20幾分，把韓國教練打得啞口無言最為爽快。
這一屆的參賽國家水準有點不太平衡，實力比較強的是澳洲派出職業球隊山貓隊以及加拿大派出大學冠軍隊。傳統球隊日韓都派出大學明星隊，菲律賓也只是MBA的業餘隊伍。而原本備受期待的卡達及德國，前者主力後衛沒來，唯一掛頭牌的只有雅辛，因此實力大減，最後只拿下第六名；後者則是德國16歲左右的俱樂部球隊，跟其他球隊根本不能比，場場被狂電。
而這一屆賽事的最高潮是中華白隊對上澳州山貓隊，山貓隊雖然陣中主力沒來，但是有洋將助陣，而且澳洲的實力原本就高於中華隊許多，一開始並不看好中華隊會贏。但是中華白隊的快速球風在這場比賽依然發揮得淋漓盡致。上半場靠著陳信安的單打勉強讓比分不被拉開，下半場王志群的快速推進以及周士淵第三節的連續四記三分，中華隊得以追回落後的15分，終場以1分之差贏得了比賽，也讓中華白隊登上冠軍。這場比賽讓王志群與周士淵打出身價，陳信安也獲選MVP。
2005年(第二十六屆)—曾文鼎一夫當關
(1)美國 (2)中華 (3)菲律賓 (4)俄羅斯 (5)卡達 (6)韓國 (7)哈薩克 (8)日本 (9)澳洲 (10)印度
2005年的瓊斯盃延續SBL的熱潮，不過今年由於要準備亞洲盃，因此僅派出單一中華隊出賽。但是還沒開賽陣中的傷兵就累累，包含陳信安、林志傑、田壘三大主將都受傷，原本中華隊很不被看好，但是因為曾文鼎的跳出，讓中華隊有了新的契機，阿鼎也因為這一屆瓊斯盃，讓韓國、菲律賓等國家對他相當注目，甚至開出天價要求曾文鼎去打球。
這一屆的瓊斯盃整體陣容不差，特別是自1998年之後就不曾參賽的美國隊重新參賽。雖然只是由各地的職業傭兵所組成的球隊，但是整體實力還是不容忽視的。除了美國隊之外，另外兩大奪冠熱門是卡達及菲律賓。卡達這次派出即將參加亞洲盃的完整陣容來，比起上次的實力是更高了。菲律賓則是又派出PBA的明星隊，雖然陣容沒有1998年那次那麼完整，但是也夠驚人的了。特別是陣中208公分、110公斤的Taulava，可說是菲律賓最火紅的人物。韓國依舊派出大學明星隊，不過整體陣容比上屆好多了，陣中的金敏秀、梁熙鐘、姜秉賢如今已經是國家隊成員。日本也是大學明星隊，比較有名的是曾在美國打球的中川和之，另外當時陣中的石崎巧、太田敦也、佐藤託矢等人也是後來國家培訓隊的一員。其餘澳洲、俄羅斯、哈薩克則分別派出青年隊及俱樂部球隊，整體實力不足與上述球隊相爭。
這一屆比賽幾乎可以說是曾文鼎的個人秀，在少掉F4的其他3人後，阿鼎幾乎是一人撐起整個中華隊的攻防，配上李學林、楊玉明、楊哲宜等外線射手，中華隊可以說是關關難過關關過，除了對上美國以大比分落敗，對上卡達惜敗外，其餘的對手都靠阿鼎為中心解決的。特別在最後兩天的賽程中，阿鼎先在菲律賓國寶中鋒Taulava手下拿下28分、10籃板、5助攻、6阻攻的驚人成績(Taulava也有27分16籃板的演出，兩人對決可說是當屆瓊斯盃最火熱的話題)贏了菲律賓，又在最後對韓國的比賽中，一人單挑韓國雙塔朱泰秀及金敏秀，單場蓋了8個火鍋，以11分贏得了比賽。最後阿鼎的優異表現讓中華隊以7勝2負的成績贏得亞軍(冠軍美國隊)，也為自己贏得最佳五人及阻攻王(平均4.3次)。
2006年(第二十七屆)—F4重新聚首
(1)美國 (2)中華 (3)卡 達 (4)韓 國 (5)哈薩克 (6)菲律賓 (7)日本 (8)澳洲
2006年瓊斯盃最大的話題就是”F4”自SBL開打後，首次在瓊斯盃聚首(國際賽2004年史坦克維奇盃就曾經同隊了。)而這次瓊斯盃也是亞運的試金石，大多媒體以”史上陣容最佳的中華隊”為題，希望中華隊能打出讓人滿意的比賽。
這一屆的參賽球隊不多，加上中華隊只有8支而已，美國隊此次派出由多名NCAA球員所組成的球隊，雖然球技比起上一屆的傭兵球隊有過之而無不及，但是經驗稍微差了點。卡達依然派出亞運的參賽陣容，菲律賓則是PBA-PBL的混合球隊，陣容不及上一屆豪華。日韓同樣派出大學明星隊，日本的岡田優介與韓國的朴相五及車載英都在這一次的比賽打響了名氣。澳洲與哈薩克都是屬於19歲級的青年國家代表隊。整體而言，這一年的陣容比起上一屆明顯弱了不少。
在這樣的球隊陣容下，中華隊的戰力比起去年有增無減，大家一致認為應該會拿下好成績的。然而打從瓊斯盃一開始，中華隊就呈現心態不積極的問題。前兩戰對上實力較弱的日本與菲律賓都只能算是勉強過關，特別是F4的整合始終出現問題，到底要以誰為主很不明確。而第三場碰上美國的比賽中，原本一直落後的中華隊在第四節靠著陳信安的連續三分球追平比數，但是在最後一秒被美國隊的Josh Carter(此次瓊斯盃MVP)投進三分球結束比賽。自此之後，中華隊就越打越亂，特別在對上哈薩克的青年隊最後居然以3分落敗，網路上掀起了一片撻伐之聲，認為中華隊態度有問題。而下一場對上我們打得最順手的卡達，居然以20多分獲勝，其中楊哲宜與李學林的表現最為出色。當大家以為中華隊已經恢復正常之際，在下一場對上韓國時，完全守不住韓國大學隊的三分外線，特別被朴相五狂砍20分，最後以12分之差落敗，於是中華隊就在這樣大起大落的成績，以第四名進入四強賽。
進入四強賽又再度碰上卡達，原本認為卡達在四強賽應該會更難打，沒想到又再度被李學林搞得七暈八素，李學林狂得23分7助攻的表現，再度幫助中華隊以20分之差擊敗卡達，挺進四強。而李學林連續兩場優異的表現，再加上亞運對上卡達也差點讓卡達翻船，使李學林得到了”卡達殺手”的封號。而進入冠軍賽後中華隊的實力也到底了，雖然一度將比分追近到5分左右，最後以10落敗，整體而言，此次中華隊表現讓人摸不著頭緒，該贏的比賽會輸，不該贏的比賽又拿了下來。算是讓人感到很納悶。